История Счетной палаты Красноярского края началась в декабре 1995 года, когда Законодательным Собранием Красноярского края был принят закон края «О Счетной палате Красноярского края», определяющий ее статус и регламентирующий деятельность. Однако фактически существовать она начала лишь в сентябре 1996 года.
В первые полгода работы контрольная деятельность осуществлялась только одним аудитором. Позднее уже тремя. Официального разделения направлений между ними, как такового, не существовало. Хотя специфика контрольной деятельности каждого уже была обозначена. В связи с увеличением объема и сложности контрольно-ревизионной деятельности и необходимостью более четкого разграничения направлений в работе аудиторов Постановлением Законодательного Собрания края в июне 1998 года были выделены 5, возглавляемых аудиторами, направлений. На сегодняшний день деятельность палаты осуществляется по 7 направлениям, возглавляемым аудиторами:
1. Контроль расходов краевого бюджета на строительство, спорт, подготовку к проведению XXIX Всемирной зимней универсиады 2019 года в городе Красноярске
2. Контроль использования краевого государственного имущества и расходов краевого бюджета на осуществление дорожной деятельности, поддержку инвестиционной, инновационной деятельности, малого и среднего бизнеса
3. Контроль расходов краевого бюджета на социальную политику, науку, образование, здравоохранение, культуру, молодежную политику, средства массовой информации
4. Контроль расходов краевого бюджета на жилищно-коммунальное хозяйство, транспорт, информатизацию и связь
5. Контроль расходов краевого бюджета на государственное управление, агропромышленный комплекс, экологию и природопользование, использования межбюджетных трансфертов, предоставленных из краевого бюджета бюджетам муниципальных образовании края, внешний аудит местных бюджетов
6. Анализ бюджетного процесса и межбюджетных отношений в крае, реализации налогового законодательства и законодательства в сфере закупок, контроль формирования и исполнения краевого бюджета
7. Финансово-экономическая экспертиза проектов законов и иных нормативных правовых актов края, планирование и методологическое обеспечение проведения внешнего государственного финансового контроля
Претерпел изменения и основополагающий документ, регламентирующий деятельность Счетной палаты. С апреля 1998 года Закон края «О Счетной палате Красноярского края» был изложен в новой редакции, принятой с учетом наработанной аудиторами практики. А 31 марта 2011 года Законодательное Собрание края приняло Уставный закон «О Счетной палате Красноярского края». В этом документе отражены изменения в действующих нормативных актах и появление вновь принятых федеральных и краевых законов. Новый краевой закон установил правовой статус, компетенцию, порядок формирования, организации и основы деятельности Счетной палаты Красноярского края, а также срок полномочий председателя, заместителей председателя и аудиторов Счетной палаты.
Положительные результаты работы Счетной палаты выражаются не только в выявлении отклонений и недостатков, но и в осуществлении превентивной функции как при осуществлении экспертной деятельности, так и в ходе контрольных мероприятий. Повторные проверки показывают, что проверяемые организации усиливают контроль за использованием краевых бюджетных средств, пытаются не допускать совершенные ими ранее нарушения. А для кого-то само существование Счетной палаты уже предостережение.
Счетная палата является постоянно действующим органом внешнего государственного финансового контроля, образуемым Законодательным Собранием Красноярского края и подотчетным ему. В связи с этим депутатам ежегодно представляется отчет о деятельности за истекший год.
Счетная палата уделяет огромное значение развитию двустороннего и многостороннего сотрудничества с органами государственного финансового контроля субъектов Российской Федерации.
С 2000 года Счетная палата края являлась членом Ассоциации контрольно-счетных органов Российской Федерации. С 2014 года – членом Совета контрольно-счетных органов при Счетной палате Российской Федерации, созданного и функционирующего с целью повышения эффективности системы государственного финансового контроля Российской Федерации, координации деятельности контрольно-счетных органов различных уровней и укрепления сотрудничества между ними.
Счетная палата принимает активное участие во всех мероприятиях, проводимых Советом, участвует в обмене информацией и опытом в различных сферах деятельности по осуществлению внешнего государственного финансового контроля, организовывает и проводит межрегиональные конференции с участием представителей контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации, органов власти края.
Счетная палата края в процессе своей деятельности осуществляет взаимодействие на различных уровнях: федеральном, межрегиональном, на уровне Красноярского края и муниципальных образований края. На сегодняшний день подписано соглашение о сотрудничестве и взаимодействии со Счетной палатой Российской Федерации, более 20 соглашений с контрольными и надзорными органами края, а также более 30 соглашений с муниципальными контрольно-счетными органами края. Заключенные соглашения предусматривают оказание правовой, методической, методологической помощи, консультирование по вопросам деятельности, обмен опытом работы, информирование друг друга о результатах контрольной и экспертно-аналитической деятельности, организацию совместных мероприятий.